El relieve del País Vasco se caracteriza por lo accidentado de su territorio. Los valles Atlánticos (Oria, Urola, Deba, Léniz, Nervión, Asa y Cadagua entre otros) forman un paisaje de valles sinuosos por los que suelen discurrir ríos caudalosos encajados en montañas de pendiente pronunciada pero de moderada altura, ya que son pocas las que superan los 1.000 m de altitud. De este a oeste las más importantes serían: Jaizkíbel (545 m), Ernio (1.075 m),Erlo-Izarraitz (1.026 m), Urko (793m), Oiz (1.029 m), y Sollube (686 m). Las montañas del interior marcan la línea de separación entre las provincias de Guipúzcoa (Gipuzkoa) y Vizcaya (Bizkaia) con Álava (Araba). Se trata de crestas calcáreas de alturas comprendidas entre los 1.000 y los 1.600 m de altitud, que forman una barrera natural respecto de las zonas más llanas al sur de la comunidad.

De este a oeste los subsistemas más importantes serían la sierra de Aralar (Txindoki, 1.346 m), la sierra de Aitzgorri (Aitxuri, 1.551m), la sierra de Urkilla (Aratz, 1.443 m), la sierra de Elgea, la sierra de Anboto (1.331 m), el macizo del Gorbea (1.481 m), el Ganekogorta (998 m) y, finalmente, las sierras de la Peña y Salvada, que hacen frontera con Burgos.

Al sur de la sierra de Arcamo, Gorbea y sierra Elguea, y hasta llegar al Ebro, que marca el límite meridional de la comunidad, se extiende una zona de valles más anchos y montañas más moderadas. La Llanada alavesa queda enmarcada entre la sierra de Badaia, al oeste (Oteros, 1.038); los montes de Vitoria, de Iturrieta (Kapildui, 1.177 m) y la sierra de Entzía,al sur; y finalmente, la sierra de Elgea y de Urkilla al norte. En el extremo meridional del territorio vasco se alzan las crestas calcáreas de las sierras de Toloño (1.267 m) y de Cantabria (Peña del Castillo, 1.432 m).Se trata de La Rioja alavesa, una zona que presenta ya netas características mediterráneas.